Der Legende nach lebte 1372, ein reiche, verwitwete Frau Namens Phen am Ufer des Mekongs. Eines Tages schwamm ein großer Kakibaum auf dem Fluss vorüber. Mit der Hilfe ihres Nachbarn zog sie den Stamm aus dem Wasser. Beim Waschen des Gehölzes bemerkten beide, dass der vermeintliche Baum in Wirklichkeit vier bronzene Buddha Statuen waren. In großer Freude über diesen Fund errichteten sie vor dem Haus der Frau Phen einen Hügel. Auf dessen Gipfel erbauten sie eine kleine Pagode in der die Statuen aufgestellt wurden. Der Hügel wurde Wat Phnom Phen genannt, was soviel bedeutet wie "Bergpagode der alten Phen". Der Berg gehört heute zu den wichtigsten Sehenswürdigkeiten der Stadt.
Unbedingt Sehenswertes sind aber vor allem der Königspalast und die Silberpagode. Seit November 1991 sind sie ihrem Museumsschlaf entrissen und dienen König Norodom Sihanouk als offizielle Residenz. Er wurde im Oktober 1993 zum 2. Mal zum König gekrönt. Besucher dürfen in den Palastbereich, aber die Besichtigung vieler Gebäude ist strengstens verboten. Das Gelände gliedert sich in den Wohnbereich, den Verwaltungs- und Repräsentationsbereich und den öffentlichen Bereich der Silberpagode.
In Phnom Phen gibt es über 20 Wats (Pagoden). Unter Pol Pot wurde alle Oberhäupter aus ihnen vertrieben oder ermordet. Gold und Silber wurden gestohlen. Die religiösen Gebäude wurden zweckentfremdet genutzt oder ihrem Verfall überlassen. Nur in der Wat Ounalom sollen 4 Mönche als Alibi für das Verbrecher-System geduldet worden sein. Die bedeutendsten Pagoden sind unter den Vietnamesen instandgesetzt worden, der Rest von den Vereinten Nationen 1992 bis 1993. Neben ihrer religiösen Funktion werden sie heute auch als Studentenwohnheime genutzt und bieten Waisen, deren Eltern von den Roten Khmer ermordet wurden eine kostenlose Unterkunft. Sehenswert sind außerdem die Schule der schönen Künste und die Apsara Art Assoziation, wo Waisenkinder oder Kinder aus sehr armen Familien, den klassischen Khmer-Tanz sowie das Pin Pheat, die klassische Khmer Musik erlernen.
